在取得成績的情況下，也存在一些不足，我們分析至少有以下幾個方面：
1、測量設備較多，而干預指導的設備較少。
健康小屋內配置的設備，大多側重在“測”和“量”上，如有的社區醫療機構血壓檢測、心血功能檢測、血糖監測、骨密度測量、身高體重檢測、人體脂肪含量檢測等數種體檢儀器琳瑯滿目，而如何結合慢性病防治，提倡健康的生活方式，干預指導的設備卻較少，嚴然成為了“體檢小屋”。
2、項目幫助參與較多，群眾自助項目不夠。
健康小屋內的身高儀、體重儀、血壓儀、肺功能儀、心血管檢測儀、骨密度檢測儀、心電圖、血糖監測儀等等，大多要在醫務人員指導和幫助下才能進行，有的操作程序繁瑣復雜，群眾自己參與、自己教育自己，自我管理的項目不多。
3、工作量增大，社區醫務人員忙于事務性工作。
由于健康小屋內的設備基本都是些高科技產品，平時需要保養和維護，有些操作也不易，需要耐心解釋和示范，有的還需要手把手的教。社區工作人員更忙了。由于社區人員本身就比較少，有的甚至是嚴重缺編，結果就出現了個別社區醫療機構在應付上級檢查，開展大型活動時才使用健康小屋的現象。
